Schon im Jahr 1968 waren die ersten Scientologen in Bayern aktiv. Sie hatten Scientology im Ausland, vor allem in England, kennengelernt und haben zunächst in ihren privaten Räumlichkeiten mit der Ausübung von Scientology begonnen.
In einem Haus in München-Harlaching gründeten diese Scientologen dann im September 1970 die erste „Scientology Kirche Deutschland“. Schnell wurde dieses erste Gemeindezentrum zu klein und wechselte im August 1972 seinen Sitz in größere Räumlichkeiten nach München-Sendling in die Lindwurmstraße.
In den 70er Jahren wurde die Scientology Kirche Deutschland (SKD e. V.) rasch zur zentralen Kirche im deutschsprachigen Raum. Noch heute zählt die Münchner Gemeinde zu den größeren Scientology Kirchen in Europa.
Im Januar 1982 konnte in München-Schwabing, Beichstraße 12, ein eigenes Gebäude bezogen werden. Das damalige „Hotel Schwabing“ wurde umgebaut und beherbergt bis heute sowohl die Scientology Kirche Bayern e. V. als auch die Scientology Kirche Deutschland e. V. Die Scientology Kirche Bayern wurde im Jahr 1982 zunächst als Mission in Nürnberg gegründet. Aufgrund einer organisatorischen Umgestaltung übernahm die Scientology Kirche Bayern, damals mit Sitz in Nürnberg, im Oktober 1984 die Betreuung der Mitglieder für ganz Bayern und angrenzende Regionen. Die Scientology Kirche Deutschland e. V. wurde zur Verbandskirche aller deutschen Scientology-Gemeinden und vertritt die Interessen von Scientology deutschlandweit. Sie leitet die örtlichen Gemeinden in wichtigen kircheninternen und -externen Fragen an und vertritt Scientology auch in Presse- und Rechtsangelegenheiten bei überregionalen Fragen in ganz Deutschland.
Heute hat die Scientology Kirche Bayern 83 hauptamtlich aktive Mitglieder, die ca. 1500 bayerische Scientologen in ihrem Gemeindezentrum betreuen. Die hauptamtlichen Mitglieder üben diverse Funktionen aus, z. B. in der Vermittlung der Lehre, in der Seelsorge als Auditor, in der Missionierung durch Informationsstände, in der Abhaltung der regelmäßigen Sonntagsandachten des Kaplans, in der Förderung ihrer sozialen und humanitären Betätigungen oder auch in der Verwaltung. Wöchentlich begrüßt das Gemeindezentrum etwa 200 Mitglieder.